江蘇省大豐麋鹿國家級自然保護區管理處（鹽城市麋鹿自然保護區管理局）設立5個內設機構，均相當正科級。
辦公室
負責管理處機關日常工作；擬定和監督執行管理處機關的各項議事規則和工作制度，負責來電、會議、信息、機要、檔案、信訪、后勤、接待等工作；負責黨建、人事、紀檢、群團、計生、工會等工作；負責車輛管理和安全工作；負責管理保護區的檔案及資料；負責辦理人大建議、政協委員提案和來信來訪工作；負責制定和完善財務管理制度，編制財務計劃和財務預（決）算，承辦保護區建設項目的審核，監督管理和驗收等相關工作；負責固定資產的登記和管理工作；指導、監督直屬單位的財務工作，開展直屬單位的內部審計工作。
技術管理處
負責制定保護區科研規劃、科研課題項目的選擇、論證和申報并組織實施；負責保護區內現有資源狀況調查與研究，掌握動態變化，建立環境、資源檔案；負責保護區內資源的科學合理利用；負責麋鹿保護救護、飼養管理以及重大疫源疫病監測工作；負責科研檔案、科研儀器設備、科技圖書資料的管理工作；開展國際、國內科技交流和合作工作。
安全保衛處
負責搞好森林防火工作；負責保護區內防災、救災工作；負責保護區內治安巡邏、檢查，督促各部門做好安全防范、消防措施的落實工作；負責保護區范圍內水電安全使用與管理工作；協助公安機關查處傷害麋鹿及其他野生動物的違法案件和破壞生態環境行為。
監督審查室
負責監督、檢查貫徹執行黨和國家的路線、方針、政策及各項規章制度的執行情況；紀檢監察麋鹿保護區全面工作；研究制定本室工作計劃并組織實施；受理本單位違紀違法案件的查處工作；配合上級紀檢機關案件調查工作；麋鹿保護區黨風廉政建設；組織工作調研并撰寫調研報告；做好本室人員的思想教育作風建設;組織完成本單位和上級紀檢監察機關交辦的其他工作。
資源管護處
負責保護區內麋鹿和其他野生動植物及濕地的管理保護工作；負責制定保護區環境保護工程項目的建設規劃、開展可行性研究工作并組織實施；負責保護區內管護實施的保護、維修和更換工作；負責制定和完善自然保護管理措施，檢查和指導濕地保護工作；負責保護區內土地、林木等其他資源的保護利用工作。
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